第二個機會在媽媽的乳汁中。
產婦的初乳里也是有先鋒有益菌的，而且有每升10–15克的天然益生元可以使先鋒有益菌迅速生長，占滿生態(tài)位，不給條件致病菌太多立足之地。
第三個機會在媽媽的皮膚上。
產道、乳汁中的一些細菌會掉落在媽媽的皮膚上。因此，和媽媽的親密接觸也是寶寶獲得有益腸道細菌的一個重要途徑。
先鋒有益菌就這樣是從媽媽的產道，初乳和皮膚等部位第一時間進入新生兒腸道的。祖祖輩輩這么傳下來，有益菌與人共同進化。不同的家族就有了最適合自己的有益菌。
當先鋒有益菌占領腸道以后，會有少量兼性厭氧菌例如大腸桿菌進入，它們會迅速消耗氧氣，使腸道成為厭氧環(huán)境。這時候，各類厭氧菌開始進入腸道定植，細菌種類越來越豐富。到斷奶后，隨著固體食物的增加，腸道細菌種類更加豐富，并且基本穩(wěn)定下來，免疫系統(tǒng)會對這些細菌產生耐受，將其作為身體的一部分接受下來，形成了每個人特有的腸道菌群結構。到大約3歲時，菌群成熟，免疫系統(tǒng)也成熟，人體與菌群進入長期相持平衡的狀態(tài)，維護人體的健康。
