首先，在最高層，由總統(tǒng)和國防部長構(gòu)成的最高指揮當(dāng)局負責(zé)制定戰(zhàn)略決策。國家安全委員會負責(zé)就國家安全問題向總統(tǒng)提供咨詢。參聯(lián)會由參聯(lián)會主席、副主席、陸軍參謀長、空軍參謀長、海軍作戰(zhàn)部長、海軍陸戰(zhàn)隊司令和國民警衛(wèi)局局長等組成，是總統(tǒng)和國防部長的主要軍事咨詢和參謀機構(gòu)，也是維系軍政和軍令系統(tǒng)正常運行的重要紐帶。參聯(lián)會主席是美國總統(tǒng)、國家安全委員會和國防部長的首席軍事顧問，擁有美國武裝力量軍官的最高軍銜，但沒有作戰(zhàn)指揮權(quán)。

第二，在中間層，聯(lián)合作戰(zhàn)司令部司令全權(quán)負責(zé)戰(zhàn)役指揮。美軍聯(lián)合作戰(zhàn)司令部由6大地區(qū)司令部（太平洋司令部、歐洲司令部、中央司令部、南方司令部、北方司令部）和3大職能司令部（戰(zhàn)略司令部、運輸司令部和特種作戰(zhàn)司令部）構(gòu)成，是美軍全軍戰(zhàn)備活動的重心，也是其集成軍種核心能力、處理軍種競爭的主要組織平臺。戰(zhàn)時聯(lián)合作戰(zhàn)司令部司令通過參聯(lián)會主席領(lǐng)受總統(tǒng)和國防部長下達的命令，對戰(zhàn)區(qū)內(nèi)所有部隊全權(quán)實施指揮，并直接向最高指揮當(dāng)局負責(zé)。

第三，在執(zhí)行層，軍種組成司令部負責(zé)戰(zhàn)術(shù)實施。聯(lián)合作戰(zhàn)司令部下轄軍種組成司令部，根據(jù)聯(lián)合作戰(zhàn)司令部司令下達的作戰(zhàn)命令，執(zhí)行作戰(zhàn)計劃，提供作戰(zhàn)部隊，遂行作戰(zhàn)任務(wù)。

作為美軍“作戰(zhàn)指揮鏈”的核心，聯(lián)合作戰(zhàn)司令部的組織機構(gòu)主要由司令部機關(guān)、下屬聯(lián)合作戰(zhàn)司令部、軍種組成部隊司令部、臨時或常設(shè)聯(lián)合特遣隊幾個部分組成。

司令部機關(guān)主要由聯(lián)合參謀部、直屬單位及附屬人員和設(shè)施組成。下屬聯(lián)合作戰(zhàn)司令部，即聯(lián)合作戰(zhàn)司令部下轄的地區(qū)或職能司令部，例如太平洋司令部下轄的駐韓美軍和駐日美軍司令部，戰(zhàn)略司令部下轄的網(wǎng)絡(luò)司令部等。軍種組成部隊司令部，例如太平洋司令部下轄的太平洋艦隊、太平洋空軍司令部等。美軍聯(lián)合作戰(zhàn)司令部通常使用臨時或常設(shè)性的聯(lián)合特遣隊遂行戰(zhàn)役戰(zhàn)術(shù)任務(wù)，由在行動中起主要作用的軍種部隊指揮官擔(dān)任聯(lián)合特遣隊指揮官，例如太平洋司令部下轄的第519聯(lián)合特遣隊和第510聯(lián)合特遣隊等。