根據(jù)俄羅斯原來的規(guī)劃方案，S-400可配備三種導(dǎo)彈：其中40H6導(dǎo)彈飛行高度達(dá)70千米，采用二次點火技術(shù)，飛行距離可達(dá)400千米，是當(dāng)今射程最遠(yuǎn)的地空導(dǎo)彈。同時地面配備一臺超視距雷達(dá)作目標(biāo)指示，以便探測到超視距外目標(biāo)（據(jù)俄官方消息，這是一臺作用距離達(dá)600千米的遠(yuǎn)程目標(biāo)指示雷達(dá)）。不過值得注意的是，俄羅斯的官方表態(tài)是，40H6導(dǎo)彈主要攔截視距外至400千米范圍內(nèi)的敵方預(yù)警機和電子戰(zhàn)飛機等大、中型目標(biāo)；用以瓦解敵方的“戰(zhàn)區(qū)外攻擊戰(zhàn)術(shù)”（即“雷達(dá)視距外攻擊戰(zhàn)術(shù)”）。而有些媒體和文章卻誤讀為在此范圍內(nèi)S-400具備攔截各種彈道導(dǎo)彈的能力。

至于S-400的中近程攔截任務(wù)，則用機動性良好的9M96系列導(dǎo)彈，并保留S-300原用的48H6導(dǎo)彈。9M96系列彈的彈體為鴨式布局，且具有推力矢量控制，可在35千米高空作變軌飛行。其中9M96E彈用于近程40千米內(nèi)攔截；9M96E2彈用于中程120千米內(nèi)攔截。40H6和9M96系列這二種導(dǎo)彈的戰(zhàn)斗部都采用定向破片爆炸，以增加殺傷力；二者都采用主動導(dǎo)引頭。由此可以說，如果S－400配備齊全的話，俄美兩家的第四代防空反導(dǎo)武器稱得上是各有絕招，旗鼓相當(dāng)。